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叶绿体基因组中高变基因标记筛选

目前,叶绿体基因片段被广泛的用于植物系统发育和DNA条形码研究。 但是目前普遍使用的叶绿体基因组标记在被子植物较低的分类等级中提供的信息量不足, 不能实现近缘物种的系统发育关系重建和DNA条形码鉴定。因此本研究拟利用比较近缘叶绿体基因组的方法, 开发合适的叶绿体基因标记。

首先从GenBank下载9个属的数据和自己测定的3个属共12个属的叶绿体基因组, 然后通过比较叶绿体基因组选取其中5%多态性比较高的片段作为候选片段, 最后选取有三个以上属支持的片段,共开发23个位点。23个位点包括4个编码区, 2个内含子区,17个基因间隔区片段。23个片段的分辨率由高到底的顺序为 ycf1-a、trnK、rpl32-trnL、trnH-psbA、trnSUGA-trnGUCC、petA-psbJ、 rps16-trnQ、ndhC-trnV、ycf1-b、ndhF、rpoB-trnC、psbE-petL、rbcL-accD、 trnSUGA-trnGUCC、trnT-psbD、trnW-psaJ。 其中有些片段对于近缘类群的系统发育关系和DNA条形码有很强利用能力。 其中accD-psaI、rbcL-accD、rpl32-trnL、rps16-trnQ、ycf1几个片段在一些类群中丢失。 对其中的21个片段设计通用引物,经过验证引物通用性良好。

研究表明,叶绿体基因组存在高变区。这些高变叶绿体基因片段第一次被详细鉴别。 并且这些片段可以很好的解决种间或是属内的系统发育关系和DNA条形码鉴定。

GaoBianPic

参考文献

Wenpan Dong, Jing Liu, Jing Yu, Ling Wang, Shiliang Zhou. Highly variable chloroplast markers for evaluating plant phylogeny at low taxonomic levels and for DNA barcoding. PLOS ONE, 2012. 7(4): e35071

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0035071

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